Este estudo teve como objetivos realizar um diagnóstico do impacto da cana-de-açúcar sobre espécies bioindicadoras em áreas sob influência das Usinas de Bioenergia situadas na região do Parque Nacional das Emas (PNE), assim como, elaborar e implantar um programa de conservação da biodiversidade dessa região. As espécies: onça-pintada, onça-parda, lobo-guará, anta, queixada, cateto, tamanduá-bandeira, tatu-canastra e ema foram selecionadas como bioindicadoras, por apresentarem requerimentos ecológicos elevados, que englobam as necessidades de diversas outras espécies. O trabalho abrangeu o Diagnóstico, por meio da interpretação de imagens de satélite e mapas de uso do solo para delimitar e caracterizar a vegetação nativa remanescente na área de abrangência das Unidades de Bioenergia. Foram distribuídas 100 armadilhas fotográficas por um período de 8 meses consecutivos. Os registros fotográficos foram analisados anualmente, permitindo o monitoramento em longo prazo da riqueza, abundância e distribuição da comunidade de mamíferos nas áreas amostradas. Também foram realizados censos de vestígios indiretos de mamíferos (rastros e fezes). Os resultados deste estudo mostraram o uso da paisagem alterada pela cultura da cana-de-açúcar, além de possibilitar a identificação de áreas estratégicas para a recomposição da conectividade de habitats. Ao longo do tempo os dados mostraram quais as linhas de atuação e manejo eram necessárias para a conservação e bem estar da biodiversidade nas áreas de influência das Usinas de Bioenergia da região.